Ο Θωμάς Μπαμπάλης είναι Καθηγητής στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του ΕΚΠΑ με γνωστικό αντικείμενο «Παιδαγωγική και Διά Βίου Μάθηση» και Κοσμήτορας της Σχολής Επιστημών της Αγωγής Είναι Διευθυντής στο ΠΜΣ «Διαχείριση της Σχολικής Μονάδας και Δια Βίου Μάθηση» και στο κοινό Διακρατικό ΠΜΣ «Σχολική Συμβουλευτική και Καθοδήγηση» (“School Counseling and Guidance”), καθώς επίσης και Πρόεδρος της Επιστημονικής Επιτροπής (ΕΠΕΣ) του Πρότυπου Πειραματικού Σχολείου Αθηνών «Μαράσλειος». Είναι Διευθυντής του Εργαστηρίου «Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού, Δια Βίου Μάθησης και Επικοινωνίας» του Τμήματός του και Μέλος του Συμβουλίου του ΚΕΔΙΒΙΜ του ΕΚΠΑ.
Είναι ακόμη Ακαδημαϊκός Υπεύθυνος σε είκοσι εξ αποστάσεως (E-learning) Προγράμματα Συμπληρωματικής Εκπαίδευσης του Κέντρου Επιμόρφωσης και Διά Βίου Μάθησης του ΕΚΠΑ. Συμμετέχει ως επιστημονικός υπεύθυνος ή μέλος επιτροπών σε διάφορα ερευνητικά προγράμματα (ERASMUS+ ETHICSBOARD: Teaching ethical principles and sustainable entrepreneurship at schools and at their related communities (Συντονιστής-Επιστημονικός Υπεύθυνος), ERASMUS+ HEALING: Developing a Multidisciplinary Diploma on Art Therapy in Health Education, HORIZON RIS4CIVIS (Research and Innovation Strategy for CIVIS) Representative of Module 4: Strengthening Human Capital), είναι κριτής σε ελληνικά και διεθνή περιοδικά (British Journal of Educational Psychology, Educational Research and Reviews κ.ά.) και μέλος από το 2013 της συσταθείσας με Υπουργική Απόφαση, Κεντρικής Επιστημονικής Επιτροπής για την επιστημονική υποστήριξη των φορέων πρότασης, λειτουργίας και υλοποίησης στο πλαίσιο των Πράξεων «Ανάπτυξη και Λειτουργία Δικτύου Πρόληψης και Αντιμετώπισης των Φαινομένων Σχολικής Βίας και Εκφοβισμού».
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζουν κυρίως σε θέματα παιδαγωγικής και διά βίου μάθησης, εκπαίδευσης ενηλίκων, εκπαιδευτικού σχεδιασμού, σχολικής συμβουλευτικής και καθοδήγησης, διαχείρισης της σχολικής μονάδας. Έχει δημοσιεύσει-επιμεληθεί έντεκα βιβλία, ελληνόγλωσσα και ξενόγλωσσα και μεγάλο αριθμό δημοσιεύσεων σε ελληνικά και διεθνή περιοδικά με κριτές, κεφάλαια σε συλλογικούς τόμους, κ.ά.